La valorizzazione espositiva dei reperti rientra tra le attività istituzionali di un Museo. Dopo lunghi e complessi restauri che hanno interessato tutto il palazzo, il Fontego dei Turchi è attualmente in fase di completo riallestimento.
In attesa delle nuove esposizioni, che comprenderanno anche una sezione dedicata alla Laguna di Venezia sono attualmente visitabili due sale:

• Sala della spedizione scientifica Ligabue
  Nel 1972-73 la famosa spedizione del paleontologo Giancarlo Ligabue portò al ritrovamento, insieme a molti altri importanti reperti, di un grande scheletro di dinosauro (Ouranosaurus nigeriensis). La storia di questa scoperta, dallo scavo agli studi effettuati, è documentata nel moderno allestimento in cui è inserito anche lo scheletro del più grande coccodrillo fino ad oggi conosciuto, il Sarcosuchus imperator.

• Acquario delle tegnùe
  Le tegnùe sono particolari zone rocciose sommerse che si trovano al largo dei nostri litorali; la morfologia ricca di microanfratti e l'elevato numero di organismi presenti le rendono ambienti di particolare pregio ambientale e meritevoli di tutela. Nella nuova sala del Museo è collocato l'acquario con pesci, molluschi, crostacei e altri organismi tipici delle tegnùe; di fronte alla vasca è posizionato il gioco interattivo "sottAcqua", corredato di sagome e schede informative, che rende più agevole l'osservazione degli animali e le relazioni tra gli organismi di questo singolare ambiente.