Un Museo, come definito dall'ICOM (International Council of Museums), è una "istituzione permanente senza scopo di lucro, al servizio della società e del suo sviluppo. E' aperto al pubblico e compie ricerche che riguardano le testimonianze materiali e immateriali dell'umanità e del suo ambiente; le acquisisce, le conserva, le comunica e, soprattutto, le espone a fini di studio, educazione e diletto."
Un Museo naturalistico, in particolare, è frutto dell'interazione fra l'ambiente che lo ospita e la storia delle attività umane e della ricerca naturalistica del luogo ed è così strettamente legato al suo territorio che non esistono due Musei di Storia Naturale identici.

Il Museo di Storia Naturale di Venezia:

• svolge servizi di educazione permanente in campo scientifico-naturalistico attraverso esposizioni permanenti e temporanee, corsi e conferenze, laboratori, attività editoriale;

• promuove ricerche scientifiche in campo biologico ed ecologico sul territorio, in ambito marino e terrestre;

• organizza attività didattiche rivolte in particolare agli studenti delle scuole dell'obbligo, anche attraverso la valorizzazione delle collezioni naturalistiche dell'Istituto;

• dispone di una ricca biblioteca scientifica aperta al pubblico;

• assicura la manutenzione, il restauro, la catalogazione e il continuo incremento delle collezioni scientifiche.

Il Museo è di proprietà del Comune di Venezia e fa parte della rete dei Musei Civici Veneziani; è inoltre socio dell'Associazione Nazionale Musei Scientifici.
Negli spazi del Museo trovano sede alcune associazioni naturalistiche che collaborano alle attività scientifiche e divulgative.