Una grande quantità di dati provenienti dalle ricerche in ambiente, dallo studio e dalla schedatura dei materiali delle collezioni scientifiche e dallo spoglio di una ricchissima bibliografia specialistica, è stata negli ultimi anni inserita all'interno di banche dati informatiche. I database appositamente strutturati raccolgono dati relativi a singoli esemplari e reperti, immagini e indicazioni di carattere bibliografico; tra questi si ricordano:

• banca dati delle specie animali della laguna di Venezia.

• banca dati della fauna marina alloctona della laguna di Venezia e dei molluschi alloctoni del Mediterraneo

• banca dati delle specie alloctone di Insetti Coleotteri in Italia

I risultati delle ricerche vengono generalmente presentati sotto forma di articoli scientifici, sia all'interno del Bollettino del Museo, sia nell'ambito di pubblicazioni di settore; lo studio e la revisione delle collezioni scientifiche si traducono spesso nella pubblicazione dei relativi cataloghi.

Parte dei locali del Museo sono adibiti a laboratorio per le attività di ricerca relative alle diverse discipline scientifiche: botanica, malacologia, entomologia, archeozoologia, paleontologia, zoologia dei vertebrati. I laboratori, attrezzati con materiali e strumentazioni scientifiche, sono utilizzati sia dal personale interno che da numerosi studiosi e appassionati.